Kate, Jack et Sawyer doivent faire face leur passé, tandis qu'ils sont retenus prisonniers par les Autres dans une prison.
Le début de cette Saison 3 ressemble étrangement au début de la saison 2 : Desmond apparait très vite dans l'abri DHARMA... L'ouverture est toujours aussi étrange et les question posées d'entrée sont nombreuses.